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This textbook provides a comprehensive exploration of the transport layer from the perspectives of computer networks and transport layer protocols, delving into the theoretical foundations and emerging application scenarios. It elucidates the principles and core mechanisms of various transport protocols, covering not only traditional IP-based protocols but also optimized implementations for future network architectures, such as MIN networks. The textbook examines classic transport protocols like TCP and UDP alongside emerging protocols such as QUIC, with a particular focus on their applications and optimization strategies in scenarios like 5G, data center, computing power network, ICN, NDN, and MIN Network. This ensures readers gain up-to-date knowledge of transport layer technologies and their practical implications. Enriched with application examples and enterprise case studies, the book bridges theory and practice. These real-world scenarios provide readers with intuitive insights into the value and implementation of transport layer protocols in production environments, making it a more practical guide compared to purely theoretical works. The textbook helps readers, particularly graduate and advanced undergraduate students, systematically understand the evolution of transport layer protocols, master the technical details and application scenarios of different protocols, and adapt to the new requirements of future network development. It serves as an essential learning resource for students in computer science, cybersecurity, and communications fields, as well as a valuable reference for lecturers and tutors. Additionally, the book is an important guide for network engineers, cybersecurity professionals, and related practitioners, offering insights into practical applications.